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Facoltà di Scienze Agrarie e Alimentari Università degli Studi di Milano
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Laboratorio di diagnostica fitopatologica - unità didattica 2
Codice: G-02BB
Docente:  Fabio Quaglino
Anno di corso:   
Quadrimestre/semestre: 
CFU: 
Articolazione dei CFU: Lezioni frontali: 2
Esercitazioni in laboratorio: 1
Obiettivi formativi:  Il corso si pone l'obiettivo di fornire agli studenti le conoscenze necessarie per la conduzione del processo diagnostico delle fitopatie. Quindi, gli argomenti trattati nel corso delle lezioni frontali e delle esercitazioni avranno l'obiettivo di formare la capacità decisionale dello studente sulle scelte che guidino la formulazione del referto diagnostico.
Competenze acquisite:  Riconoscimento dei quadri sintomatologici delle principali fitopatie causate da funghi, batteri, fitoplasmi, virus e viroidi; (ii) acquisizione della capacità di affrontare le fasi del processo diagnostico: ricognizione in campo; campionamento; preparazione del campione per le analisi di laboratorio; (iii) Utilizzo delle tecniche diagnostiche per il rilevamento e l’identificazione del patogeno (metodi biologici-tradizionali, metodi sierologici, metodi molecolari); (iv) impiego dei criteri di valutazione delle tecniche diagnostiche: efficienza, specificità e sensibilità; (v) capacità interpretativa dei dati ottenuti e formulazione del referto diagnostico.
Sintesi del programma:  Tecniche diagnostiche per il rilevamento e l’identificazione del patogeno: (i) metodi biologici-tradizionali (microscopia ottica/elettronica, isolamento diretto, postulati di Koch, trasmissione a piante indicatrici); (ii) metodi sierologici (anticorpi mono-policlonali, ELISA); (iii) metodi molecolari (saggi di ibridazione; saggi di amplificazione: PCR e varianti, RT-PCR, IC-PCR, real-time PCR quantitativa e non-quantitativa, LAMP; analisi di sequenze nucleotidiche: LH-PCR, RFLP, microsatelliti, sequenziamento e successive analisi in silico).
Criteri di valutazione delle tecniche diagnostiche: efficienza, specificità e sensibilità del saggio.
Interpretazione dei dati e formulazione del referto diagnostico. Cenni ad adempimenti di legge.
ESERCITAZIONI: applicazione di diverse tecniche diagnostiche per l’identificazione di un patogeno (caso-studio); valutazione delle tecniche impiegate secondo i criteri studiati; emissione del referto.
Programma:  Saranno illustrate le principali tecniche impiegate per il rilevamento e l’identificazione dei patogeni vegetali (virus, fitoplasmi, batteri, funghi, viroidi). In particolare, l’attenzione sarà rivolta a (i) metodi biologici-tradizionali (microscopia ottica/elettronica, isolamento diretto, postulati di Koch, trasmissione a piante indicatrici); (ii) metodi sierologici (anticorpi mono-policlonali, ELISA); (iii) metodi molecolari (saggi di ibridazione; saggi di amplificazione: PCR e varianti, RT-PCR, IC-PCR, real-time PCR quantitativa e non-quantitativa, LAMP; analisi di sequenze nucleotidiche: LH-PCR, RFLP, microsatelliti, sequenziamento e successive analisi in silico).
Sarà riposta particolare cura a: (i) fase di progettazione del saggio diagnostico specifico per il patogeno da individuare (a seconda delle caratteristiche biologiche e genetiche del patogeno occorre scegliere il saggio più adatto); (ii) inserimento di opportuni controlli positivi e negativi che consentano di valutare la specificità del saggio e di rintracciare la presenza di eventuali contaminazioni; (iii) valutazione di specificità, efficacia e sensibilità del saggio diagostico; (iv) interpretazione dei dati ottenuti al fine di poter emettere un referto diagnostico corretto.
Terminata la parte dedicata all’identificazione del patogeno, saranno accennate le modalità di intervento, adottate a norma di legge, per il contenimento delle malattie associate ai patogeni rilevati (argomento discusso più ampiamente nel modulo 1).
I concetti appresi nelle lezioni frontali saranno applicati in esercitazioni in cui saranno valutate diverse tecniche diagnostiche per il rilevamento di un patogeno selezionato come caso-studio. In dettaglio, l’attività di laboratorio riguarderà l’applicazione di diversi metodi diagnostici per l’identificazione di fitoplasmi. I dati ottenuti consentiranno di (i) rilevare e identificare il patogeno e (ii) scegliere la miglior tecnica diagnostica attraverso la valutazione di sensibilità, specificità e efficienza dei diversi saggi.
Prerequisiti:  Sarebbe opportuno che gli studenti frequentanti il corso conoscano le nozioni di base di patologia vegetale. Infatti, nel seguente corso, non saranno affrontate le caratteristiche generali dei patogeni, ma sarà comunque richiesta (anche in sede d’esame) la loro conoscenza come base per la comprensione degli argomenti trattati nel corso delle lezioni frontali e delle esercitazioni.
Propedeuticità:  Non ci sono propedeuticità, ma è vivamente consigliato frequentare il presente corso dopo aver sostenuto l’esame di patologia vegetale.
Materiale didattico:  Materiale proiettato a lezione (presentazioni powerpoint) e articoli scientifici che saranno forniti dal docente.
Modalità d'esame e altre info:  L’esame sarà effettuato insieme al docente dell’Unità Didattica 1 del corso, quindi gli studenti che sosterranno l’esame dovranno conoscere gli argomenti trattati nelle due Unità Didattiche del corso. L’esame consisterà in un colloquio e saranno richiesti gli argomenti trattati sia durante le ore frontali sia durante i laboratori.
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Programma di Laboratorio di diagnostica fitopatologica - unità didattica 2 (versione in pdf)
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